クリニックは他の業種よりも公共性を求められる傾向にあるため、税金面で優遇されることがあります。
一般的には医療法人化した方が節税できるというプラスイメージが強い医療法人化ですが、実際のところ個人事業主（個人クリニック）で診療所を運営するのと、医療法人クリニックで運営するのではどちらが税務上有利なのでしょうか。
そんな疑問を解決すべく、今回は個人事業主と医療法人の税金面での違いについて解説します。
個人事業主と医療法人の違い
個人クリニックと医療法人では位置づけが異なります。
個人事業主
医療法人化していない個人クリニックは個人事業主となります。
個人クリニックは、営利目的での活動が可能です。
（医療法第7条には「病院」と「医療法人」の非営利性についての規定であり、個人診療所は非営利に関する規定が置かれていないため、営利的活動が可能と解されています）
医療法人
医療法人とは、法律上、人格として扱うことが認められた組織です。
医療法人はその性質上、公共性が求められるため、営利目的での運営が認められない非営利組織として位置づけされます。
一般的には、医療法人の方が個人クリニックよりも資金調達がしやすいため、高額な設備投資ができ、経営が安定しやすいというのが利点です。
また、医療法人は事業承継の際に相続税や煩わしい手続きの必要がないので、スムーズに承継を行えます。
個人クリニックと医療法人にかかる税金
個人クリニックと医療法人にはどちらも税金が課税されます。
課税される税金の種類について見ていきましょう。
個人クリニックに課税される税金の種類
個人クリニックの所得は事業所得となり、所得税(復興特別所得税を含む)・住民税・事業税の3つの税金が課税されます。
税率は以下の通りです。
①所得税
所得に比例して5％～45％(7段階)
②住民税
所得に関係なく一律10％
③事業税
所得から年290万円の非課税枠を差し引いた残額に対して一律5％
個人クリニックに課税される税率は、所得が大きくなるほど高くなります。
消費税の取り扱いは次の通りです。
・自由診療報酬：課税対象
・社会保険診療報酬：非課税
（参考：日本医師会「今こそ考えよう 医療における消費税問題」）
医療法人に課税される税金の種類
医療法人には法人税・地方法人税・住民税・事業税の4つの税金が課税されます。
税率は以下の通りです。
①法人税
資本金１億円以下の医療法人：所得金額が年800万円以下の部分は15％、所得金額が年800万円超の部分は23.2％
資本金１億円超の医療法人：23.2％
②地方法人税および住民税
法人税の17.3％または20.7％
さらに、均等割という所得と関係なく全ての納税義務者から均等に課される税金が年7万円以上課税されます。
③事業税
所得の3.4％～5.23％
医療法人に課税される税率は、所得金額の増減に比例しません。
消費税は個人クリニックと同様に、自由診療報酬のみ課税対象となります。
個人事業主と医療法人では「経費」の概念が真逆
個人事業主と医療法人では、税務署の見方が全く異なります。
個人の場合は、基本的に支出されているものは個人的な支出として扱われます。
一方、法人の場合は原則的に「支出はまず経費である」と見られ、その中で役員が私的に使っているものを経費から除くという考え方をされます。
経費になるもの・ならないもの
医療法人と個人事業主では経費になるものとならないものにも違いがあります。
飲食費は、医療法人であればは経費になることが多いようです。
しかし個人事業主の飲食費は、税務署員に経費だと主張して認められなければ裁判等で争うことになりますが、認めてもらえる可能性は低いようです。
その他としては、高額な物品等の購入は資産と見なされるので経費としては認められません。
（固定資産等として計上し、毎年一定割合を経費として計上していくことになります）
また、自動車は医療法人で購入して医療法人が所有する場合は全額経費となりますが、プライベートでも乗る場合には使用割合に応じて経費とならない部分が生じることとなります。
個人クリニックと医療法人のメリット・デメリット
個人クリニックと医療法人のメリット・デメリットについて説明します。
個人クリニックのメリット・デメリット
メリット
①小規模企業共済・経営セーフティ共済に加入できる
他の業種と同じように中小機構の小規模企業共済・経営セーフティ共催に加入できます。
小規模企業共済とは、”事業主の退職金制度”のようなもので、
経営セーフティ共済とは、”取引先の倒産に備えた事業資金の貸付制度”です。
積立型の共済にもかかわらず、掛金が経費計上または所得控除できるため、補償を受けるだけでなく、節税対策も兼ねられる便利なな公的制度です。
②利益を分配できる
利益を分配するかしないかは個人事業主の自由です。
たとえば、儲けが多い月に、本人の取り分を増やしても特に問題ありません。
デメリット
①対外的な信用で不利
個人クリニックは医療法人よりも安定性や公共性が低いと見られることがあり、対外的な信用で不利になる場合があります。
たとえば、診療所用の物件を借りる際に医療法人で無ければ契約できない物件があったり、融資の料率が医療法人よりも高くなるといったことが生じ得ます。
医療法人のメリット・デメリット
メリット
①対外的な信用で有利
医療法人は安定性や公共性が高いと見られることが多いため、個人クリニックよりも対外的な信用の面で有利になることがあります。
たとえば、求人広告を出す際、求職者は個人クリニックよりも医療法人のほうが信用度が高いと感じ、多くの応募に繋がることがあります。
デメリット
①小規模企業共済・経営セーフティ共済に加入できない
医療法人は小規模企業共済・経営セーフティ共済の加入対象外になっています。
役員である代表者が退職金を準備するには、生命保険の活用など別の方法を選択しなければなりません。
②利益の分配ができない
医療法人は非営利性が求められており、医療法第54条に「医療法人は、剰余金の配当をしてはならない」と規定されております。
ただし、役員報酬として報酬を受け取る分には、同条の問題は生じません。
③医療法等で定められた事務的な手続きの手間が生じる
医療法人はその公共性から都道府県の監督下におかれます。
クリニックの追加や移転、役員の変更などについて、都道府県等に認可申請や届出を行う必要があります。
また、毎年決算状況や事業の執行状況などを都道府県に届出たり、”資産の総額（毎年）”や”理事長の任期（2年ごと）”について法務局へ登記を行う必要があります。
まとめ
今回は個人クリニックと医療法人クリニックの違いを比較して解説しました。
両者には、特に税金面で大きな違いがあるということがわかりました。
それぞれのメリット・デメリットを考慮して、個人クリニックのまま運営お行うか、医療法人化して規模を拡大していくかを検討する際のご参考になれば幸いです。
（記事：板東）
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